韦昌辉把石达开留天京的一家老小全部杀光，在城内集结了一万多人控制了天京城。
愤怒的石达开到安庆调兵，起兵四万讨伐韦昌辉，他上奏天王洪秀全，一定要“韦昌辉之头”，并宣称“如不得其头，即班师回朝攻灭天京”。
韦昌辉听到天京城内的一些不利流言，知晓洪秀全把这场天京城内的大屠杀责任都推到了自己身上，他大怒，去天王府见洪秀全，洪秀全却闭门不见他。
“既然天王不仁，就别怪我不义。”见城外的很多太平军也支持翼王石达开，天京形势分外紧张，韦昌辉还不愿意承认自己的失败，负隅顽抗，他不相信石达开有能力攻下固若金汤的天京城。
那天黄昏，韦昌辉在天京城上巡查，望到天京城外的报恩寺古塔，这高高的塔楼在夕阳中格外刺眼。
韦昌辉深恐翼王石达开凭借报恩寺古塔以作攻城炮垒，这样的话城楼便在火炮的射程之内，于是他立即下令毁之。
于是，一队上百人的太平军将士手捧韦昌辉的将令，出天京城南聚宝门，直奔长干桥南，进入在战火中早已残破不堪的大报恩寺，将运来的炸药与易燃物品装入仍巍然矗立着的那著名的琉璃塔内。
大报恩寺的住持听说太平军要毁古塔，下跪求放过这佛家宝物，但是被领头的军官一脚踢开。
旋即，只听轰然一声巨响，整个琉璃塔都陷入浓烟烈火之中，这座被视为中古建筑奇迹的辉煌建筑迅速倒塌，从此化成了一片瓦砾废墟。
太平军又像强盗一样纵火烧塔，那场熊熊的大火，在天京城南聚宝门外燃烧了几日几夜。
第二天，韦昌辉在街头巡视，发现天京城里军民中流传起“宝塔拆、自相杀”的民谣，他大怒，下令把传谣的人抓起来严刑拷问，结果让他大吃一惊：这些传谣的人，竟然都是天王的人。
“混蛋！我还真是小看了装疯卖傻的洪秀全！”韦昌辉有一种彻底被洪秀全玩弄的感觉，他陷入了一种绝望的愤怒之中，一个更疯狂的计划在他的脑海中浮现：血洗天王府！
而在天王府的寝宫，那一晚灯火辉煌，洪秀全三年来唯一一次不让女人陪睡。
这一晚，洪秀全觉得需要思考的问题很多，眼下最为重要的，是他要在北王韦昌辉和翼王石达开之间选一个。这个选择很重要，一旦选错，他将会有性命之忧。
作为天国的最高领袖，洪秀全绝对不是一个无能的人，只是他不愿意过问世俗的朝政，以至于所有王都低看了他的权谋，包括东王杨秀清！
天国最高的权力，谁敢觊觎，洪秀全是决不会心慈手软的。洪秀全从来不喝酒，就是为了让自己时刻保持清醒，确保刀把子拿在自己的手里！
那晚，洪秀全想了很多，他起身，想起自己三年前进入南京城的样子，当时他身着黄龙袍，脚蹬黄龙履，坐在金碧辉煌的轿辇上，由六十四个轿夫肩扛着，从紫金山下破开的太平门进入南京城中，城中百姓被勒令拜倒在道路的两旁迎接。轿车辇上，手扎的五只白鹤迎风飘摆。三十二位女官手持黄罗伞，身跨高头马，簇拥左右，那是多么威风。
但实际上，这风光的进城背后，背后也有权力斗争的暗流涌动。
洪秀全想起临进城的头天晚上，他召众“王”集中议事。进城是大事，东王杨秀清、北王韦昌辉、翼王石达开等都到场了，喜庆的酒宴还没有结束，负责前卫的秦日纲从身边小卒那儿获悉：聚宝门的瓮城里全部被安排了东王的亲兵，如果东王想取而代之，那是最好下手的地方。
秦日纲私下告诉了洪秀全这个秘密。但他的话刚出口，就被洪秀全一个耳光扇过去，打得嘴里当场掉下两颗血牙！这让秦日纲丈二和尚摸不着头脑。许久，洪秀全才叹道：“进城原图诸王都能快活享受荣华和女人，何人有此念头？那金田揭竿又何必？”
说罢，洪秀全挥挥手，让秦日纲下去，并嘱：“不得再言。”
最终，东王杨秀清权衡再三，没有让人动手，他认为洪秀全好色，寿不会太长，自然过渡更为妥当。
实际上，杨秀清也没机会动手，进城头天晚上，洪秀全举行入城前夜的酒宴，宴后早早入营帐了，但燕王秦日纲、北王韦昌辉等王突然过来围住东王杨秀清一直喝到三更，那场危机就那样过去了。
如果说东王杨秀清有谋反企图，其实早就可以实施了，但他一直没有，洪秀全入城后的手段，起了很大作用。
比如入城后的第一场朝议，东王主持，然后呈天王洪秀全决定。平时，大家都是诸王分坐两边，中间是洪秀全一人坐，但那天的天王府大殿上，第一次朝议却并列排放着两把椅子。洪秀全到了自己座位上，没有立刻落座，而是对杨秀清伸出手，两手张开相邀：“东王劳苦功高，应该与我平起共坐！”
东王杨秀清诧异，但诸王无人表态，他处于尴尬之境了。倒是翼王石达开说话了：“天下两王共朝之事，从未见过。”
洪秀全大度地说：“朕为天子，东王为上帝派之使臣，与朕可同坐而语。”
诸王见天王这么说，便也没人再说话。聪明的杨秀清不但没去坐，也根本不想去坐。那把椅子很快撤掉了。
洪秀全自己真的不想看到诸王兄弟之间的权力斗争，权力是毒药，能毒死别人，也能毒死自己。定都南京后，洪秀全满脑子确实只想当一个享乐的昏君。所以他用一万人造了供他享受的豪华宫殿。外为太阳城，内为金龙城。自金龙殿到最后面的三层楼，共九进，表示九重天庭之意。墙壁用泥金彩画，地面铺大理石，门窗用绸缎裱糊，栋梁俱涂赤盎，柱子饰上彩色的鸟、兽、山水风景的图案。里外雕琢精巧，金碧辉煌。大门上的对联是洪秀全自己所撰：“予一人乃神乃仙乃文乃武，众诸侯自西自东自南自北。”
所以洪秀全才多妻纵欲，广置嫔妃。到南京以后，蒙得恩为他选美，每逢他生日，就送上美女六人。不只在南京选，还从江苏其他占领区选拔美女送到天京备选。在洪秀全看来，众多妻妾以供尽情纵欲，是他做天王应有的一项重要享受。那么多的妻妾，只做他尽情发泄的驯服工具。所以，她们没有级称，不用名字，而只是数字化地依次编个号码，比如第三十妻、第八十一妻。这可能是中外史无前例的创举。
江宁是江南的重镇。早早就被洪秀全内定为皇都，那是他在年轻时到过的最令他神往的城市。但没有人知道，令他神往的正是他在夫子庙前那条河边的艳遇，他深深地记住了江南女子的水性与肌肤！这事儿，洪秀全对无话不说的冯云山提过，并且说，造反成功不成功都得到江宁去坐一坐，再尝尝那味道。冯云山坚决反对定都江宁，但出于什么原因，冯云山直到死没有说。
洪秀全是想自己给诸王做个榜样，兄弟们一起住豪宅，睡美女，这样多好！这不就是权力的本质和意义吗？不然，权力有什么意思？可惜杨秀清不懂洪秀全的这片苦心，韦昌辉也不懂，石达开也不懂。
“梦寐以求的富贵就在眼前了，兄弟却相残了，那当初何必一起拼了命造反呢？”想到这，洪秀全对月长叹。
权衡利弊，洪秀全觉得，借韦昌辉杀石达开的计策落空，自己得清理门户了，表现一下自己的“正义的姿态”。
经过长期的背后运作，洪秀全觉得自己在天京拥有了不少的支持者，韦昌辉的名声臭了，他得到了众多的同情和怜悯。他感觉，是到了自己以“有道”伐“无道”的时候了，洪秀全把天京所有的恶都算到韦昌辉的头上，韦昌辉便成妖了，成了人人唾弃而欲杀之的“北妖”！
夏历十月初五，洪秀全亲自带兵三千，借城外翼王部属的声势，向乱党韦昌辉的部下发起进攻，宣布选择支持翼王石达开，讨伐逆贼。
这一下，倒是燕王秦日纲尴尬了，他是忠于天王洪秀全的，但血洗东王府和翼王府，在城内胡乱屠杀，他都有份。
眼看洪秀全的大部队就要杀到了，怎么办？秦日纲觉得自己的部下只能出城了，他抽剑朝天一指：“本帅今日奉诏出城，谁敢抗拒，格杀不论！朝前方冲啊！”说时迟，那时快，秦日纲一勒马，马仰天长嘶，他带人朝城门奔去，就这么跑了。
而韦昌辉没有办法，他只好硬着头皮造反了，率兵杀向天王府。正午时分，队伍到了天王府前，韦昌辉原本猜测，天王府前一定已经乱成一团。他的队伍到了那儿，突然发现路上没有一个人，整个街上清清爽爽连片树叶都没有！
“不好，天王早有准备！”韦昌辉感觉到，自己再一次低看了洪秀全，下令撤兵。
但为时已晚，洪秀全率三千人杀出，韦昌辉根本无力抵抗，到了最后，死命追随他的人员只有200余人。
洪秀全穿着龙袍，威严下令：“北王部属，格杀勿论！”
很快，北王的所有随从也全部被杀死，韦昌辉被活捉。
韦昌辉被活捉后，洪秀全历数韦昌辉的十大罪，并说：“你知错了吗？”
韦昌辉哈哈大笑，回答洪秀全：“我这一辈子做得最错的事，犯的最大错误，就是小看了你！”
“没有朕，诸王也什么都不是！所以你们都死了，朕也不会死，这就是天命！”天王洪秀全笑了，咬着发黄的牙齿，下令将韦昌辉五马分尸，并割下他的首级送到翼王石达开的军中，以接翼王石达开回京。翼王的父亲韦元玠及全家老小也全部被天王洪秀全杀了。
为了一泄天国所有军民的愤怒，天王洪秀全再次下令“将韦昌辉的尸体剁成肉块，每块两寸见方。悬挂在天京城内格栅示众，上面标明“北奸肉，只准看，不准取！”